فحص الأمونيا في البراز (Ammonia in Stool) هو قياس كمي لتركيز غاز الأمونيا (NH3) الناتج عن عملية أيض البروتينات داخل الأمعاء. يُنتج الأمونيا بشكل رئيسي عن طريق البكتيريا المعوية (الفلورا) التي تقوم بتفكيك البروتينات غير المهضومة واليوريا التي تصل إلى القولون عبر العصارة الصفراوية. يعكس المستوى المرتفع في البراز زيادة في نشاط هذه البكتيريا المحللة للبروتين، أو وجود كمية كبيرة من البروتين غير المهضوم، وقد يرتبط ببعض الحالات المرضية.