يتضمن هذا التحليل ثلاث خطوات متسلسلة على عينة سريرية (دم، سائل نخاعي، مسحة، نسيج، إلخ): الزراعة (Culture): يتم زرع العينة على أوساط مغذية خاصة للفطريات (مثل سابورو دكستروز آغار) وتحت ظروف نمو مناسبة لفصل وتنمية أي فطريات موجودة. تحديد الهوية (Identification - ID): تُفحص المستعمرات النامية مجهرياً وباستخدام اختبارات كيميائية حيوية (تجزئة الكربوهيدات) و/أو تقنيات جزيئية متقدمة (مثل قياس الكتلة MALDI-TOF MS أو تفاعل البوليميراز المتسلسل PCR) لتحديد نوع الفطر بدقة (مثل Candida albicans, Aspergillus fumigatus، إلخ). اختبار الحساسية للمضادات (Antifungal Susceptibility Testing - AST): يتم تحديد أقل تركيز مثبط للمضاد الفطري (MIC) ضد الفطر المعزول باستخدام طرق معيارية (مثل CLSI أو EUCAST). يشمل الاختبار مضادات فطرية شائعة مثل الفلوكونازول، فوريكونازول، إشينوكاندينات، وأمفوتريسين ب.