فحص مناعي (مثل ELISA أو الكروماتوجرافي المناعي) يكتشف وجود مستضدات جرثومة Helicobacter pylori (المستضدات هي بروتينات خاصة بالجرثومة) في عينة البراز. يعكس هذا الاكتشاف وجود عدوى نشطة وحالية في بطانة المعدة. يعتبر هذا الفحص دقيقاً وغير باضع (لا يحتاج إلى منظار)، ويستخدم بشكل أساسي للتشخيص الأولي وللتأكد من نجاح العلاج (يجب إجراؤه بعد 4 أسابيع على الأقل من انتهاء العلاج).